Emmanuel dilahirkan di Amiens anak kepada Françoise Macron (nama keluarga sebelumnya: Noguès), seorang doktor, dan Jean-Michel Macron, seorang profesor neurologi di Universiti Picardy.[3] Dibesarkan dalam keluarga bukan agama, beliau telah dibaptiskan sebagai seorang Roman Katolik atas permintaan sendiri pada usia 12.[4]

Beliau mendapat pendidikan kebanyakannya di Jesuites de la Providence lycée di Amiens[5] sebelum ibu bapanya menghantar beliau untuk menamatkan tahun terakhir di sekolah di elit sekolah tinggi Lycée Henri-IV di Paris. Beliau belajar Falsafah di Universiti Paris-Ouest Nanterre La Défense, mendapatkan ijazah DEA.[6]

Beliau memperolehi ijazah sarjana dalam hal ehwal awam di Science Po, sebelum menjalani latihan kerjaya perkhidmatan awam di École nationale d'administration (ENA) sehingga menamatkan pengajiannya pada tahun 2004.